A SIMRIA tem implementado um Plano de Controlo Analítico, cuja elaboração teve por base o controlo dos afluentes ao sistema, o controlo do processo de tratamento das ETAR e o cumprimento da legislação, no que diz respeito aos Alvarás de Utilização de Domínio Hídrico.

Este programa de monitorização tem uma componente cuja actividade é desenvolvida  pelo Laboratório da SIMRIA, situado na ETAR Sul, e tem uma componente desenvolvida por laboratórios exteriores acreditados.

Dentro desta última componente, inclui-se a avaliação da qualidade das águas balneares na zona de influência dos emissários submarinos.